Justo después del terremoto, muchas personas huyeron hacia el Terreiro do Paço y hacia las orillas del Tajo, en dirección al mar, donde no había edificios. Los capitanes de los numerosos barcos, situados frente a la costa, sintieron el violento movimiento de las aguas. A unos 250 km de la costa, el terremoto había desplazado billones de litros de agua, creando un tsunami que golpearía Lisboa hacia las 11 de la mañana. La torre de Bugio, que domina Lisboa desde la desembocadura del Tajo, fue uno de los primeros edificios en sufrir los efectos del tsunami. La torre quedó rodeada por las aguas del tsunami, dejando atrapada a una guarnición de soldados en su interior. Dispararon varios tiros para pedir auxilio y tuvieron que subir hasta la parte más alta de la torre para sobrevivir a la subida de las aguas.
En aquel momento, la mayoría de los testimonios mencionan la retirada del mar, que ofreció a los espectadores una vista del lecho del río como nunca antes habían visto. Luego llegó el hinchamiento de las aguas, con la ola entrando en la ciudad y sumergiendo numerosos asentamientos ribereños. Los testimonios hablan de anclas destrozadas lanzadas a la superficie y de amarres rotos. Muchos marineros describen cómo los barcos quedaron varados en seco y luego volvieron a flotar.
La masa de agua ascendió y se transformó en una ola de unos cinco metros de altura. Nadie esperaba otra catástrofe, la gente fue sorprendida. No había dónde esconderse, ni dónde buscar refugio. Las aguas invadieron calles y plazas, arrastrando madera, piedras y todo lo que el mar encontraba a su paso.
Un testigo relata que el río, visto desde la plaza, se elevó formando una masa de agua semejante a una montaña. El capitán de un barco, a unos 300 metros de la orilla, afirmó haber medido una subida del río de unos 6 metros. Siguieron varias olas, en un flujo y reflujo de agua que provocó pánico en la parte baja de la ciudad. Las olas destruyeron todo a su paso, arrastrando a personas y estrellando barcos y muelles contra los edificios.
Según un testigo, no quedó nada en el Arsenal ni en la Ribeira, y la madera que el mar no arrastró quedó amontonada en las calles, dejando la ciudad intransitable.
El Cais da Pedra, una construcción fabulosa y gigantesca, situada entre el muelle del Terreiro do Paço y la fortificación en la parte oriental de la plaza, desapareció, probablemente hundido en el barro inestable, con la multitud de personas que se habían refugiado en aquel muelle de mármol, creyendo estar allí a salvo. Innumerables barcas llenas de gente, que habían buscado escapar de la inestabilidad de la tierra, se lanzaron al río, pero también fueron engullidas por la oscilación del mar. Muchas barcas fueron arrastradas hasta la otra orilla del Tajo.
A pesar de la huida inmediata de quienes se encontraban en las orillas y en el Terreiro do Paço, muchos fueron arrastrados por la fuerza del agua, y quienes resistieron quedaron con el agua a la altura de la cintura, a buena distancia de la orilla, cerca de S. Paulo.
El tsunami destruyó muchos de los edificios ya fragilizados y mató a numerosos supervivientes del terremoto. Es imposible decir con exactitud cuántas personas murieron por el tsunami, pero las estimaciones apuntan a unas 900 víctimas por una penetración de la ola de unos 250 metros.
A medida que el agua se retiraba y se hacía visible la magnitud de los daños, los incendios seguían haciendo estragos, ahora alimentados por las toneladas de escombros que había dejado el tsunami.
Los especialistas aún no se ponen de acuerdo sobre qué falla, o conjunto de fallas, provocó el terremoto de 1755. Si se tratara de una sola falla, esta debió de ser enorme, de al menos 100 km de longitud por 50 km de ancho. También pudo tratarse de dos o más grandes fallas que se rompieron en secuencia. La información histórica sobre el tsunami sugiere que dichas fallas, combinadas, debieron de medir 200 km de longitud por 80 km de ancho.
Se dice que estas fallas afectaron al fondo oceánico, haciéndolo elevarse una altura estimada de 20 m, provocando así un tsunami transoceánico. El mayor impacto se produjo en Portugal y Marruecos, afectando también al sur de España. En el caso de Portugal continental, se estima que las olas del tsunami alcanzaron entre 10 y 15 m en la zona de Sagres, y en Lisboa se estima que alcanzaron los 5 m de altura. Las diferentes alturas observadas en puntos distantes del globo, pero también en regiones más cercanas, se explican por la velocidad a la que viajan las olas de un tsunami y por las características del terreno de cada zona. El tiempo de llegada estimado al faro de Bugio, frente a Paço d'Arcos, es de 30 minutos tras el terremoto. En el caso de Lisboa, al ser la profundidad del agua en la costa mucho menor, las olas se propagaron mucho más despacio, tardando así un estimado de 60 a 90 minutos en llegar a tierra.

En esta proyección podemos ver cómo el tsunami penetró en la ciudad baja de Lisboa, según los relatos históricos. El agua había avanzado entre 250 y 350 metros alrededor del Terreiro do Paço, aproximadamente hasta la ubicación actual del Arco de la Rua Augusta. Además de las víctimas, la inundación causó daños materiales catastróficos, ya que la mayoría de las mercancías valiosas que llegaban por mar se almacenaban en almacenes y astilleros a lo largo del río.

Este grabado representa el terremoto, el tsunami y el incendio de Lisboa, donde puede verse la magistral representación del derrumbe de la gran torre cuadrada del palacio real. Los horrores del acontecimiento recorrieron el mundo a través de cartas, grabados y artículos de gaceta, y avivaron la imaginación de la gente durante muchos años. Incluso 100 años después, seguian apareciendo referencias al terremoto, como en el poema «The Deacon's Masterpiece», de sir Oliver Wendell Holmes, un texto en verso publicado en Nueva York en 1857 que narra la historia de un carruaje tirado por caballos, aparentemente indestructible, fabricado el mismo día del terremoto:
“That was the year when Lisbon-town
Saw the earth open and gulp her down,”
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BIBLIOGRAFÍA
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José Joaquim Moreira de MENDONÇA, Historia Universal dos Terramotos, Que tem havido no mundo, de que ha noticia, desde a sua creaçaõ até o seculo presente. Com huma narraçam individual Do Terremoto do primeiro de Novembro de 1755, e noticia verdadeira dos seus effeitos em Lisboa, todo Portugal, Algarves, e mais partes da Europa, Africa, e América, aonde se estendeu, António Vicente da Silva, Lisboa, 1758.
Historia universal dos terremotos, que tem havido no mundo, de que ha noticia, desde a sua creaçaõ até o seculo presente. : Com huma narraçam individual do terremoto do primeiro de novembro de 1755., e noticia verdadeira dos seus effeitos em Lisboa, todo Portugal, Algarves, e mais partes da Europa, Africa, e América, aonde se estendeu: e huma dissertaçaõ phisica sobre as causas geraes dos terremotos, seus effeitos, differenças, e prognosticos; e as particulares do ultimo. : Mendonça, Joachim José Moreira de : Free Download, Borrow, and Streaming : Internet Archive
Miguel Tibério PEDEGACHE (Ivo Brandão), Nova e fiel relação do terremoto que experimentou Lisboa, e todo Portugal No 1. de Novembro de 1755. Com algumas Observaçoens Curiosas, e a explicação das suas causas, Oficina de Manoel Soares, Lisboa, 1756 (1756) M. T. Pedegache – Nova e fiel relação do terremoto que experimentou Lisboa | Éditions Ismael (editions-ismael.com)
José de Oliveira Trovão e Sousa, Carta em que hum amigo dá notícia a outro do lamentável sucesso de Lisboa, sem local nem data de edição mas dada como escrita em 20 de Dezembro de 1755, Coimbra, 1755 Biblioteca Brasiliana Guita e José Mindlin: Carta em que hum amigo da noticia a outro do lamentavel sucesso de Lisboa (usp.br)
Rui TAVARES, O Pequeno Livro do Grande Terramoto, Tinta da China, 2009.