Le 1er novembre 1755, seul le roi avait le pouvoir d'entériner toutes les décisions après avoir entendu les différents conseils et tribunaux de la Monarchie. Face à l'urgence de la situation, il incombait aux secrétaires d'État d'agir. Mais il n'était pas toujours facile, pour les secrétaires d'État, de prendre des décisions sans l'aval du roi. Tout dépendait du prestige de ces secrétaires d'État, de la confiance que le roi plaçait en eux et de l'autorité qu'il leur accordait. Les secrétaires d'État en fonction le jour du séisme étaient Pedro da Mota e Silva, secrétaire d'État du royaume, Diogo de Mendonça Corte Real, secrétaire d'État de la marine et des colonies, et Sebastião José de Carvalho e Melo, secrétaire d'État des affaires étrangères et de la guerre. Tous trois eurent des comportements très différents face à la catastrophe. Parmi les secrétaires d'État, deux ne retournèrent pas en ville. Âgé de plus de soixante-dix ans et malade, Pedro da Mota resta cloîtré chez lui. Diogo de Mendonça disparut pendant plusieurs heures, apparemment terrifié. Il se contenta d'envoyer sa « compagne » néerlandaise, qui vivait avec lui, porter des soupes à la reine. D'autres personnalités importantes de la cour, comme António da Costa Freire, magistrat expérimenté en diplomatie, et Estevão Pinto, s'enfuirent sur leurs terres.
Selon divers témoignages, Sebastião José de Carvalho e Melo laissa sa famille dans son palais et, traversant une ville plongée dans le chaos le plus total, partit rejoindre le roi à Belém. Sebastião José, secrétaire d'État des affaires étrangères et de la guerre, prit les choses en main, prenant des décisions et signant fébrilement avis, ordres et dispositions à l'attention des autorités du royaume, sans se soucier du formalisme habituel ni des règles juridiques. Il outrepassa ainsi les limites de sa mission, censée se cantonner à la diplomatie et aux affaires de guerre, car le séisme constituait, en réalité, une véritable « situation de guerre ». La ville n'aurait pas été dans un pire état si l'artillerie d'un ennemi redoutable l'avait bombardée. Sebastião José ne perdit pas un instant.
Lorsque Pedro da Mota mourut quelques jours après le séisme, ses papiers et l'ensemble de ses documents furent remis à Sebastião José sur ordre du roi. Bien que Diogo de Mendonça Corte Real ait apparemment soutenu António Freire de Andrade — l'un des conseillers de la cour suprême de justice et du trésor — pour succéder à Pedro da Mota, le roi ne fut pas convaincu. Sebastião José fit preuve d'une efficacité sans égale, et le roi, hésitant entre partir pour l'Alentejo ou rester à Belém, semblait s'en remettre au courage politique de son secrétaire d'État. Bien sûr, l'histoire détaillée des dispositions prises permet d'identifier bien d'autres protagonistes. De nombreux aristocrates installèrent des hôpitaux de fortune dans des jardins, avec médecins et chirurgiens. Le frère du duc de Lafões chercha des morts et des blessés dans les ruines, et Monseigneur Sampaio, prélat de l'église patriarcale, se chargea d'enterrer plus de 240 corps et sauva de nombreuses personnes des décombres. Rien, cependant, ne semble comparable à l'ascension administrative accomplie par Sebastião José.
Cela fut si frappant que, le 25 février 1756, parut la « Lettre écrite du Portugal à un grand Espagnol », accusant Sebastião José d'une origine sociale douteuse et de s'être approprié les revenus de l'État. Il y était dépeint comme un « politicien hautain, orgueilleux, prétentieux et fort médiocre en raison de ses origines modestes ». Un texte d'António Pereira, dédié au duc de Lafões, Dom Pedro de Bragança, fut également publié, faisant l'éloge de ceux qui s'étaient le plus distingués dans les suites du séisme, sans jamais mentionner le nom de Sebastião José. Le duc de Lafões, le duc d'Aveiro, le marquis d'Angeja, le comte de São Lourenço et le fils du marquis de Marialva y étaient tous vivement loués. De même, le marquis d'Alorna, Dom Miguel de Almeida Portugal, intendant des finances et vice-roi des Indes avant son retour en 1752, fut associé à « l'opposition » à Sebastião de Carvalho e Melo. C'est lui qui aurait prononcé la phrase : « Enterrez les morts, occupez-vous des vivants et fermez les ports », en réponse au roi, alors pris de panique et ne sachant que faire. Alorna mourut en 1756, mais il joua un rôle essentiel dans la collecte de blé destinée à nourrir la ville, une mission à laquelle participa également le marquis de Tancos. Pourtant, le souvenir de son rôle dans la réponse au séisme s'est presque entièrement effacé — signe des luttes souterraines qui opposaient les grandes figures de la cour.
Preuve de la gravité de la situation, un décret du 17 août 1756 offrit une récompense à quiconque fournirait des informations sur le complot ourdi contre le secrétaire d'État Sebastião José, promettant 20 000 cruzados à qui révélerait l'identité de ses instigateurs. António da Costa Freire, conseiller à la cour suprême de justice, était considéré comme le chef de ce complot visant à s'emparer du pouvoir, avec l'aide des ducs de Lafões et d'Aveiro, des marquis d'Angeja et de Marialva, du comte de São Lourenço, de quelques-uns des plus importants aristocrates du royaume, et d'un homme d'affaires, Martinho Velho da Rocha Oldenburg, représentant les intérêts du commerce avec l'Orient. Bien que les accusations n'aient jamais été confirmées, Diogo de Mendonça Corte Real semble avoir soutenu cette opposition, sapant ainsi l'influence de Sebastião José. De leur côté, le marquis de Tancos et José Seabra da Silva soutenaient le secrétaire d'État Sebastião José.
Les tensions politiques, qui se muaient peu à peu en haine, faisaient partie intégrante de la société de cour et du mode de gouvernement du Portugal depuis le XVIe siècle. Elles ne semblent toutefois pas avoir entravé la réponse au séisme durant les premiers mois. Les grandes figures politiques de la cour endossèrent des rôles différents, de plus en plus prises dans les intrigues politiques et dépassées par l'agilité administrative du secrétaire d'État Sebastião José de Carvalho e Melo.
1 - Sebastião José de Carvalho e Melo (plus tard connu sous le nom de Marquês de Pombal) (1699-1782) Secretário de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra (secrétaire d'État aux Affaires étrangères et à la Guerre)
Profitant de l'absence des deux autres secrétaires du gouvernement — Pedro da Mota e Silva et Diogo de Mendonça Corte Real —, Carvalho e Melo entreprit de gérer la crise et travailla d'arrache-pied dans les jours qui suivirent le séisme.
Carvalho e Melo, gentilhomme de la moyenne noblesse sans formation connue, était un diplomate respecté, ayant servi à Londres et à Vienne, et il réussit à s'imposer à la cour royale, où il fut nommé secrétaire d'État des affaires étrangères et de la guerre en 1750. Sa demeure n'ayant pas été détruite par la catastrophe, le roi estimait que son secrétaire bénéficiait d'une protection divine — une idée que certains à la cour jugeaient pour le moins ridicule. On a beaucoup spéculé sur les raisons de la confiance que le roi accordait à Sebastião José, depuis la relation de son épouse autrichienne avec la reine veuve jusqu'à l'intérêt du secrétaire pour les affaires au Brésil, dont l'importance ne cessait de croître à la cour. S'il est vrai que l'or de Minas Gerais, au Brésil, était perçu comme le levier désespéré de la reconstruction de Lisbonne, la capacité de travail et l'énergie du secrétaire furent sans aucun doute un facteur décisif. Le jour même du séisme et dans les jours qui suivirent, Carvalho e Melo prit de nombreuses décisions importantes au nom du roi, soumettant dès le 2 novembre 1755 aux ordres du roi le duc de Lafões et D. Diogo de Noronha, marquis de Marialva, avec ces mots sans appel : « Sa Majesté l'ordonne ! ». Sebastião José fit construire, près de la tente du roi, une cabane de bois faite avec des tentes de guerre apportées de l'Alentejo. C'est là qu'il installa son secrétariat d'État. Il mobilisa dès lors l'appareil judiciaire et rétablit l'ordre.
Le 4 mai 1756, le roi D. José nomma Sebastião José de Carvalho e Melo au secrétariat d'État aux affaires du royaume, officialisant son pouvoir sur le territoire, ce qui lui permit de cumuler d'autres postes de secrétaire auxquels il nommerait des ministres de confiance. Cumulant ainsi de nombreux postes importants, il deviendrait plus tard Conde de Oeiras, puis Marquês de Pombal, nom sous lequel il est resté dans l'histoire.
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