Carvalho e Melo voulait reconstruire Lisbonne de telle sorte que l’architecture et l’urbanisme permettent de limiter les dommages qu’un autre tremblement de terre pourrait causer. Il fut nécessaire de définir des conditions strictes pour les modalités de reconstruction de la ville. Se détacher du plan médiéval fut la première étape pour appliquer un plan en quadrillage.  

Le quartier de la Baixa, la ville basse au bord du Tage, était réduit à un amas de décombres et donc prêt à être modifié en profondeur. Manuel de Maia et son équipe décidèrent d’y construire des structures parasismiques. C’était la première fois que ce type de structure était utilisé en série. Ils proposèrent un aménagement urbain radicalement différent : un quadrillage du territoire avec des rues larges et de vastes places, qui permettrait d’optimiser l’exposition au soleil, mais aussi l’évacuation des eaux résiduelles et la circulation de l’air. Ces mesures offriraient un accès plus facile, une meilleure situation sanitaire et une plus grande sécurité aux Lisboètes. La mobilité, l’homogénéité et l'efficacité seraient les concepts clés de la conception finale. Ce quartier serait ensuite connu sous le nom de Baixa Pombalina. 

Mais ce plan ne faisait pas l’unanimité. La vieille noblesse, par exemple, se vit contrainte d’accepter le nouveau découpage des terres de la ville basse, qui souvent ne respectait pas les anciennes emprises de ses palais. L'Église a également vu de nombreuses églises fusionnées, voire purement et simplement supprimées dans le nouveau plan. De manière générale, le nouveau style architectural imposait une sobriété qui choquait de nombreuses personnes, habituées à une décoration élaborée et plus raffinée. Dans les années 1760, lorsque les rues de Lisbonne furent construites, beaucoup se plaignirent qu’elles étaient trop larges. Carvalho e Melo répondit qu’un jour, on les trouverait trop étroites ! 

Le nouveau plan de Lisbonne symbolisait également le renouveau que le secrétaire d’État voulait insuffler à la politique portugaise. Carvalho e Melo profita de l’occasion pour montrer qu’une nouvelle ère s’ouvrait. Une ère moins centrée sur la vieille aristocratie et l’Église, où le pouvoir du roi serait renforcé avec le soutien de groupes émergents de marchands et de bureaucrates. En ce sens, le Plan de Lisbonne constitua un changement radical. 

Cependant, le Plan, achevé le 12 juin 1758, soit moins de deux ans après le séisme, n’incluait pas uniquement la Baixa. Il prévoyait également l’expansion de la ville au-delà de ses limites existantes, selon le même ensemble extrêmement précis de règles d'urbanisme, de concepts, de notions philosophiques et de solutions technologiques. Fondé sur la rationalité, la proportion et la symétrie, ce plan de reconstruction était extrêmement ambitieux et beaucoup le considèrent comme le premier plan urbain véritablement moderne.  

Architecture et urbanisme ne faisaient plus qu’un, une unité s’appuyant sur les idées de Carvalho e Melo et la machine juridique et politique qu’il mit en marche, qui marquerait non seulement la naissance d'une nouvelle ville mais également celle d'une nouvelle société.  

Réalisée en bois, cette structure fonctionne comme un squelette tridimensionnel qui relie tous les éléments constructifs du bâtiment. Une fois construit, il est rempli de pierres et de maçonnerie, créant ainsi les murs. Les connexions ductiles et l'existence d'éléments de contreventement transversaux assurent la transmission au sol des forces horizontales induites par un séisme. La maçonnerie s'effondre, mais le bâtiment reste debout.

Vous pouvez voir ici le plan topographique de la ville de Lisbonne en ruine - en rose le dessin des rues de Lisbonne avant le tremblement de terre et en jaune, le nouvel alignement urbain, avec le nouveau tracé des rues et les nouveaux bâtiments - proposé par le capitaine Eugénio dos Santos (1711-1760). Ce plan, choisi parmi six projets, était le plus radical, car il rasait tous les bâtiments du centre-ville, même ceux qui étaient encore habitables, et n'envisageait aucune voie diagonale, imposant une orthogonalité totale. Toutefois, cette proposition respectait une partie de la mémoire de la vieille ville, en conservant comme éléments pivots les deux grandes places d'avant le tremblement de terre : Terreiro do Paço, le centre politique et économique, où l'on savait déjà que la famille royale ne reviendrait jamais vivre ; et Rossio, plus populaire, où il était encore prévu de reconstruire son bâtiment principal, l'hôpital royal de Tous les Saints.