Carvalho e Melo pretendia reconstruir Lisboa, mas era necessário que a arquitetura e o planeamento urbano fossem concebidos de modo a limitar os danos que um eventual futuro sismo pudesse vir a causar. Para isso, era necessário definir restrições na forma de reconstruir a cidade. Romper com o traçado medieval das ruas constituía o primeiro passo para o uso de um padrão ortogonal.  

A zona da Baixa, no centro de Lisboa, junto ao rio, estava reduzida a escombros e pronta para alterações profundas. Manuel da Maia e a sua equipa decidiram que esta zona seria reconstruída usando, pela primeira vez em série, estruturas antissísmicas. Propunham um projeto urbano radicalmente diferente: um novo traçado, com ruas largas e praças amplas, que permitiria uma exposição solar otimizada, drenagem de águas residuais e circulação de ar. Estas medidas proporcionariam melhores acessos, melhorariam a saúde e aumentariam a segurança dos Lisboetas. Mobilidade, estandardização e eficiência viriam a ser os conceitos-chave do projeto final. Esta zona viria mais tarde a ser conhecida como Baixa Pombalina.  

Mas o plano não agradava a todos, a nobreza antiga, por exemplo, viu-se obrigada a aceitar os novos parcelamentos dos terrenos da baixa, muitos não respeitando a antiga localização dos seus palácios. A Igreja viu também muitas igrejas a serem aglutinadas ou simplesmente anuladas no novo plano. Regra geral, o novo estilo arquitetónico impunha uma sobriedade que chocava muita gente, habituada a uma decoração elaborada e com mais requinte. Na década de 1760, quando as amplas ruas de Lisboa estavam a ser construídas, muitos queixavam-se da sua largura excessiva; diz-se que Carvalho e Melo respondeu que, um dia, as achariam demasiado estreitas. 

O novo Plano de Lisboa era também um símbolo da transformação que o secretário de estado pretendia fazer na política portuguesa. Carvalho e melo usou esta oportunidade para mostrar que chegara uma nova era — uma era menos centrada na velha aristocracia e na Igreja, onde o poder do rei seria reforçado com o apoio de grupos emergentes de mercadores e burocratas. Nesse sentido, o Plano de Lisboa constituiu uma mudança radical. 

Mas esse plano — concluído a 12 de junho de 1758, menos de dois anos após o terramoto — não incluía apenas a reconstrução da zona da Baixa. O plano incluía também a expansão da cidade para lá dos limites existentes, aplicando as mesmas — e muito precisas — regras urbanísticas, o mesmo conceito, a mesma filosofia e as mesmas soluções técnicas. Baseado na racionalidade, na proporção e na simetria, era um plano de reconstrução extremamente ambicioso, sendo considerado por muitos o primeiro plano urbanístico verdadeiramente moderno.  

O plano combinava arquitetura e planeamento urbano num mesmo projeto, assente nas ideias e na máquina legal e política posta em marcha por Carvalho e Melo. Tal faria nascer não só uma nova cidade, mas também uma nova sociedade.  

Feita de madeira, esta estrutura funciona como um esqueleto tridimensional que liga todos os elementos construtivos do edifício. Uma vez construído, é preenchido por pedra e alvenaria, criando as paredes. As ligações dúcteis, e a existência de elementos de contraventamento, em cruz, asseguram a transmissão ao solo das forcas horizontais induzidas por um sismo. A alvenaria cai, mas o edifício fica de pé. 

Aqui se vê a planta topográfica da Cidade de Lisboa Arruinada – a rosa o desenho das ruas da Lisboa antes do terramoto e a amarelo, o novo alinhamento urbano, com o novo traçado das ruas e os novos edifícios - proposta pelo capitão Eugénio dos Santos (1711-1760). Este plano, escolhido entre seis projetos, foi o mais radical, pois arrasava todos os edifícios da baixa, mesmo os que ainda tinham alguma habitabilidade, e não contemplava nenhuma via diagonal, impondo uma total ortogonalidade. No entanto, esta proposta respeitava alguma da memoria da antiga cidade, mantendo como elementos axiais as duas grandes praças pré- terramoto: o Terreiro do Paço, centro político e económico, onde já se sabia que a família real não haveria de voltar a morar; e o Rossio, mais popular, onde ainda se pretendia reconstruir o seu principal edifício, o Hospital Real de Todos-os-Santos.