Le 1er novembre 1755, c’est le roi qui avait seul le pouvoir de confirmer toutes les décisions, après avoir entendu les différents Conseils et Tribunaux de la Monarchie. Face à l’urgence de la situation, il incombait aux secrétaires d’État d’agir. Mais il n'était pas toujours facile pour les secrétaires d’État de prendre des décisions sans l’aval du roi. Tout dépendait du prestige de ces secrétaires d’État, de la confiance que le roi leur accordait et de l'autorité dont il avait bien voulu les faire dépositaires. Les secrétaires d’État en place le jour du tremblement de terre étaient Pedro da Mota e Silva, secrétaire d'État du Royaume, Diogo de Mendonça Corte Real, secrétaire d'État chargé de la Marine et de l’Outremer, et Sebastião José de Carvalho e Melo, secrétaire d'État chargé des Affaires étrangères et de la Guerre. Les trois eurent des comportements fort différents face à la catastrophe. Parmi les secrétaires d’État, deux d’entre eux ne se rendirent pas en ville. Âgé de plus de soixante-dix ans et malade, Pedro da Mota passait son temps reclus chez lui. Diogo de Mendonça disparut pendant plusieurs heures, apparemment terrifié. Il se limita à faire envoyer des soupes à la reine par sa « Hollandaise » (avec qui il vivait). D'autres personnages importants de la Cour comme António da Costa Freire (magistrat ayant l’expérience de la diplomatie) ou Estevão Pinto s’enfuirent sur leurs terres.

Selon divers récits, Sebastião José de Carvalho e Melo laissa sa famille dans son palais et, traversant la ville dans le chaos le plus complet, alla trouver le roi à Belém. Sebastião José, secrétaire d'État chargé des Affaires étrangères et de la Guerre, prit la situation en main, prenant des décisions et signant frénétiquement les avis, ordres et dispositions adressés aux autorités du royaume, sans se soucier du formalisme ou des règles juridiques. Il outrepassa les limites de sa mission, qui lui demandait de s’occuper de diplomatie et de problèmes de guerre, car le tremblement de terre était en fait une véritable « situation de guerre ». La ville n’aurait pas été en plus triste état si elle avait été bombardée par l’artillerie d'un terrible ennemi. Sebastião José ne perdit pas de temps.

Lorsque Pedro da Mota mourut, quelques jours après le tremblement de terre, ses papiers et tous ses documents furent remis à Sebastião José, par ordre du roi. Bien que Diogo de Mendonça Corte Real paraisse avoir soutenu un conseiller à la cour suprême de justice, en même temps conseiller du trésor, nommé António Freire de Andrade pour succéder à Pedro da Mota, le roi ne se montra pas convaincu. Sebastião José faisait preuve d’une activité sans pareille et le roi, indécis quant au choix de se rendre en Alentejo ou de rester à Belém, semblait se reposer sur le courage politique de son secrétaire d'État. Bien entendu, l’historique détaillé des dispositions qui furent prises permet d'identifier de nombreux autres protagonistes. De nombreux aristocrates installèrent de véritables hôpitaux de campagne dans les jardins, faisant appel à des médecins et des chirurgiens. Le frère du duc de Lafões parcourut les ruines à la recherche des morts et des blessés et Monseigneur Sampaio, prélat de l'église patriarcale, se chargea d’enterrer plus de 240 cadavres et sauva de nombreuses personnes des ruines. Pourtant, rien ne semble comparable à l’ascension administrative de Sebastião José.

Tant et si bien que le 25 février 1756 parut la « Lettre écrite du Portugal à un Grand d'Espagne », accusant Sebastião José d’avoir une origine sociale douteuse et de s’être approprié des revenus de l’État. Il fut qualifié de « hautain, orgueilleux, prétentieux, très mauvais politicien en raison de sa médiocre extraction ». Un texte d'António Pereira, dédié au duc de Lafões, Dom Pedro de Bragança, a également été publié, faisant l'éloge de ceux qui s'étaient le plus distingués dans la réaction au tremblement de terre, passant totalement sous silence le nom de Sebastião José. Le duc de Lafões, le duc d'Aveiro, le marquis d'Angeja, le comte de São Lourenço et le fils du marquis de Marialva faisaient, quant à eux, l’objet de larges éloges. De même, le marquis d'Alorna, Dom Miguel de Almeida Portugal, Intendant des finances, vice-roi des Indes et rentré en 1752, était associé à l’« opposition » à Sebastião de Carvalho e Melo. C’est lui qui fut l’auteur de la phrase : « Enterrer les morts, s’occuper des vivants et fermer les ports », réponse faite au roi lorsque celui-ci, pris de panique, demanda ce qu’il convenait de faire. Alorna mourut en 1756, mais il joua un rôle important dans la collecte de blé pour nourrir la ville, mission à laquelle le marquis de Tancos participa également, bien que le souvenir de son rôle dans la réaction au tremblement de terre ait pratiquement disparu. C’est là un signe des luttes souterraines auxquelles se livraient les figures de proue de la Cour.

Une preuve de la gravité de la situation : le 17 août 1756, un décret offrait des récompenses à qui donnerait des informations contre le complot qui se tramait contre le secrétaire d'État Sebastião José, offrant 20 000 cruzados à quiconque donnerait des renseignements sur l’identité des auteurs. António da Costa Freire, conseiller à la cour suprême de justice, fut alors considéré comme le chef du complot visant à s’emparer du pouvoir, avec l’aide des ducs de Lafões et d’Aveiro, des marquis d'Angeja et de Marialva, du comte de S. Lourenço, de certains des aristocrates les plus importants du royaume et d'un homme d'affaires, Martinho Velho da Rocha Oldenburg, représentant les intérêts du commerce avec l’Orient. Bien que les accusations n’aient jamais été confirmées, Diogo de Mendonça Corte Real semble avoir soutenu cette opposition, sapant lui aussi l’influence de Sebastião José. De leur côté, le marquis de Tancos et José Seabra da Silva apportaient leur soutien au secrétaire d’État Sebastião José.

La tension politique (qui progressivement s’était transformée en haine) faisait partie de la société de la Cour et du type de gouvernement en place au Portugal depuis le XVIe siècle. Elle ne semble pas avoir trop entravé la réaction au tremblement de terre au cours des premiers mois. Les principaux personnages politiques de la Cour assumèrent des rôles divers, de plus en plus enlisés dans la toile politique et dépassés par l’agilité administrative du secrétaire d'État Sebastião José de Carvalho e Melo.

1 - Sebastião  José  de  Carvalho  e  Melo (connu plus tard sous le nom de Marquês de Pombal), Secretário de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra (secrétaire d’État aux Affaires étrangères et à la Guerre)

Profitant de l’absence des deux autres secrétaires du gouvernement, Pedro da Mota e Silva et Diogo de Mendonça Corte Real, Carvalho e Melo prit en main la gestion de la crise et travailla d’arrache-pied durant les jours qui suivirent le tremblement de terre.  

Carvalho e Melo, un noble de la moyenne noblesse sans études connues, était un diplomate très respecté ayant servi à Londres et à Vienne, qui avait réussi à la cour royale où il avait été nommé secrétaire aux Affaires étrangères et à la Guerre en 1750. Son habitation n’ayant pas été détruite par la catastrophe, le roi pensait que son secrétaire était sous la protection de Dieu, ce que d’aucuns à la cour jugeaient ridicule. On a beaucoup spéculé sur les raisons de la confiance du roi envers Sebastião José, de la relation de son épouse autrichienne avec la reine veuve à l'intérêt du secrétaire pour les affaires du Brésil, de plus en plus importantes à la Cour. S'il est vrai que l'or du Minas Gerais, au Brésil, a été considéré comme le levier désespéré de la reconstruction de Lisbonne, la capacité de travail et l'énergie du secrétaire ont certainement été un facteur décisif. Le jour même du tremblement de terre et les jours qui suivirent, Carvalho e Melo adopta de nombreuses mesures importantes au nom du roi, se soumettant aux ordres du roi dès le 2 novembre 1755, le Duc de Lafões et D. Diogo de Noronha, marquis de Marialva, avec les mots incontournables : "Sa Majesté ordonne ! ». Sebastião José a fait construire une cabane en bois près de la tente du roi - à partir de tentes de guerre apportées de l'Alentejo - où il a installé son secrétariat d'État. Il prit le commandement de la chaîne judiciaire et, à partir de ce moment-là, se chargea d'établir l’ordre.

Le 4 mai 1756, le roi D. José nomme Sebastião José de Carvalho e Melo au secrétariat d'État aux affaires du royaume, officialisant ainsi son pouvoir sur le territoire. Accumulant de nombreux postes importants, il deviendrait plus tard Conde de Oeiras puis Marquês de Pombal, nom qu'il conserva à travers l’histoire.