No dia 1 de novembro de 1755 seria o rei quem tinha o único poder de confirmar todas as decisões, depois de ouvidos os vários Conselhos e Tribunais da Monarquia. Perante a urgência da situação, cabia aos Secretários de Estado atuar. Mas nem sempre era fácil para os Secretários tomarem decisões sem confirmação do rei. Dependia do prestígio desses Secretários e da confiança – e autoridade – que o rei depositava neles. Os Secretários existentes no dia do Terramoto eram Pedro da Mota e Silva, Secretário de Estado do Reino, Diogo de Mendonça Corte Real, o Secretário de Estado da Marinha e Negócios Ultramarinos, e Sebastião José de Carvalho e Melo, o Secretário de Estado dos Negócios Estrangeiros e Guerra. Os três teriam comportamentos bem diferentes diante da catástrofe. Dois dos Secretários não apareceram na cidade. Pedro da Mota tinha mais de setenta anos, era doente, e passava o tempo recolhido em sua casa. Diogo de Mendonça desapareceu durante várias horas, alegadamente, aterrorizado e limitou-se a enviar pela sua «holandesa» (com quem vivia) sopas à rainha. Outras figuras importantes da Corte como António da Costa Freire (um magistrado com experiência diplomática), ou Estevão Pinto, fugiram para as suas quintas.

Segundo vários testemunhos, Sebastião José deixou a família no seu palácio e atravessando a cidade caótica, foi ter com o rei a Belém. Sebastião José, Secretário de Estado dos Negócios Estrangeiros e Guerra, tomou nas suas mãos o controlo da situação, despachando decisões e assinando freneticamente avisos, ordens e provisões dirigidos às autoridades do reino – sem se preocupar com o formalismo ou as regras jurídicas. Apesar dos limites colocados à sua atuação – devia tratar da diplomacia e problemas de guerra - na verdade, o Terramoto era de facto uma situação de «guerra». A cidade não se encontraria pior se tivesse sido bombardeada pela artilharia de um inimigo terrível. Sebastião José não perdeu tempo.

Quando Pedro da Mota morreu, uns dias após o Terramoto, os seus papéis e documentos passaram para Sebastião José, por ordem do rei. Embora Diogo de Mendonça Corte Real pareça ter apoiado um desembargador e conselheiro da Fazenda chamado António Freire de Andrade, para substituir Pedro da Mota, o rei não se mostrou convencido. Sebastião José mostrava uma atividade sem paralelo, e o rei, indeciso sobre viajar para o Alentejo ou permanecer em Belém, parecia descansar na coragem política do seu Secretário. Claro que a história minuciosa das providências tomadas, permite identificar muitos outros protagonistas. Muitos aristocratas instalaram nos jardins autênticos Hospitais de Campanha, chamando médicos e cirurgiões. O irmão do duque de Lafões andou pelas ruínas resgatando mortos e feridos e Monsenhor Sampaio, Prelado da Igreja Patriarcal, encarregou-se de sepultar mais de 240 cadáveres e salvou muitas pessoas das ruínas. Mas nada parece comparar-se com a ascensão administrativa de Sebastião José.

De tal modo que a 25 de Fevereiro de 1756 apareceu a Carta que se escreveu de Portugal a um grande de Espanha, acusando Sebastião José de origem social duvidosa e apropriação de rendas do Estado. Foi qualificado como «soberbo, orgulhoso, fingido, fraquíssimo político por ser de baixa e ordinária qualidade». Foi também publicado um texto de António Pereira, dedicado ao Duque de Lafões, D. Pedro de Bragança, elogiando quem mais se destacara na resposta o Terramoto, desta vez omitindo totalmente o nome de Sebastião José. O Duque de Lafões, o Duque de Aveiro, o Marquês de Angeja, o Conde de S. Lourenço e o filho do Marquês de Marialva eram amplamente elogiados. Também o marquês de Alorna, D. Miguel de Almeida Portugal, Vedor da Fazenda, vice-rei da Índia, regressado em 1752, era associado à «oposição» a Sebastião de Carvalho e Melo. Terá sido ele o autor da frase: «Sepultar os mortos, cuidar dos vivos e fechar os portos», quando o rei perguntou em pânico o que havia de se fazer. Alorna morreria em 1756 mas foi importante na recolha de trigo para alimentar a cidade, missão em que também o Marquês de Tancos se envolveu, embora a memória da sua atuação na resposta ao Terramoto praticamente tenha desaparecido. O que era um sinal da luta subterrânea entre as principais figuras da Corte.

Prova de que a situação era grave: a 17 de agosto de 1756, um Decreto oferecia recompensas por informações contra a conjura que se preparava contra o Secretário Sebastião José, oferecendo 20 000 cruzados a quem informasse sobre a identidade dos autores. O desembargador António da Costa Freire foi depois considerado o líder do plano para tomar o poder, com a ajuda dos duques de Lafões e Aveiro, os marqueses de Angeja e marialva, e o conde de S. Lourenço, alguns dos mais importantes aristocratas do reino, e um homem de negócios, Martinho Velho da Rocha Oldenburg, representando os interesses do comércio com o Oriente. Embora fossem acusações nunca confirmadas, Diogo de Mendonça Corte Real parece ter apoiado esta oposição, minando também a influência de Sebastião José. Por sua vez, apoiavam o Secretário Sebastião José, o Marquês de Tancos e José Seabra da Silva.

A tensão política (gradualmente transformada em ódio) fazia parte da sociedade de Corte e do tipo de governo desenvolvido em Portugal desde o século XVI e não parece ter atrapalhado em demasia a resposta ao Terramoto nos meses imediatos. As principais figuras políticas da Corte apareceram com diferentes graus de protagonismo, cada vez mais enleadas na teia política e na agilidade administrativa do Secretário Sebastião José de Carvalho e Melo.

1 - Sebastião José de Carvalho e Melo mais tarde Marquês de Pombal) (1699 - 1782) Secretário de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra

Tirando partido da ausência dos dois outros secretários de Estado — Pedro da Mota e Silva e Diogo de Mendonça Corte Real —, Carvalho e Melo dispôs-se a lidar com a crise e trabalhou arduamente nos dias que se seguiram ao terramoto.    

Carvalho e Melo, um fidalgo da média nobreza, sem estudos conhecidos, era um diplomata respeitado, após ter servido em Londres e Viena, e bem-sucedido na corte, onde fora nomeado, em 1750, secretário de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra. Uma vez que a casa de Carvalho e Melo não fora destruída na catástrofe, o rei achou que o seu secretário de Estado estava sob proteção divina, embora alguns na corte considerassem a ideia ridícula. Muito se especulou sobre as razões da confiança do rei em Sebastião José, desta a relação da sua mulher austríaca com a rainha viúva até ao interesse do Secretário nos negócios do Brasil, cada vez mais importantes na Corte. Se é verdade que o ouro de Minas Gerais, no Brasil, era visto como a desesperada alavanca para a reconstrução de Lisboa, a capacidade de trabalho e energia do Secretário foi por certo um fator decisivo. No próprio dia do terramoto e nos dias seguintes, Carvalho e Melo tomou, em nome do rei, muitas decisões importantes, submetendo às ordens do rei logo no dia 2 de novembro de 1755, o duque de Lafões e D. Diogo de Noronha, marquês de Marialva, com as palavras incontornáveis: «Sua Majestade manda!». Sebastião José mandou construir uma barraca de madeira perto da Tenda do rei – a partir das tendas de guerra trazidas do Alentejo – onde instalou a sua Secretaria de Estado, e mobilizou o sistema judicial, passando desde então a controlar a ordem.

A 4 de maio de 1756 D. José nomeou Sebastião José de Carvalho e Melo para a Secretaria de Estado dos Negócios do Reino, formalizando o seu poder sobre o território, o que lhe permitiu acumular as outras Secretárias para onde entretanto seriam nomeados ministros da sua confiança. Acumulando muitos cargos importantes, tornar-se-ia mais tarde conde de Oeiras e depois marquês de Pombal, título por que ficou conhecido na história.