Carvalho e Melo quería reconstruir Lisboa, pero era necesario que la arquitectura y el urbanismo estuvieran diseñados de tal manera que limitaran el daño que pudiera causar otro terremoto. Era necesario definir estrictas directrices sobre cómo reconstruir la ciudad. El primer paso era romper con el trazado urbano medieval para emplear un patrón de cuadrícula.  

Baixa, o la ciudad baja cerca del río, era un distrito de Lisboa reducido a escombros y preparado para profundas modificaciones. Manuel da Maia y su equipo decidieron que esta zona sería reconstruida utilizando estructuras sismorresistentes. Esta fue la primera vez que dichas estructuras se utilizaron en serie. Propusieron un diseño urbano radicalmente diferente: una nueva cuadrícula, con largas calles y amplias plazas que permitirían optimizar la exposición solar, el drenaje de aguas residuales y la circulación de aire. Dichas medidas proporcionarían un buen acceso, mejorarían la salud y aumentarían la seguridad de los lisboetas. La movilidad, la estandarización y la eficiencia serían los conceptos clave del diseño final. Esta área sería más tarde conocida como Baixa Pombalina. 

Pero no todos estaban contentos con el plan. La antigua nobleza, por ejemplo, tuvo que aceptar la nueva parcelación del centro de la ciudad, que en muchos casos no respetaba la antigua ubicación de sus palacios. La Iglesia también vio cómo muchas iglesias se agrupaban o simplemente se anulaban en el nuevo plan. En general, el nuevo estilo arquitectónico imponía una sobriedad que chocaba a mucha gente, acostumbrada a una decoración elaborada y más refinada. En la década de 1760, durante la construcción de las amplias calles de Lisboa, muchos se quejaron de que resultaban demasiado anchas, a lo que Carvalho e Melo respondió que ¡algún día la gente las encontraría demasiado estrechas!  

El nuevo plan de Lisboa era también un símbolo del cambio que el secretario de estado quería introducir en la política portuguesa. Carvalho e Melo aprovechó esta oportunidad para mostrar que había llegado una nueva era, una era menos centrada en la vieja aristocracia y la Iglesia, donde el poder del rey se fortalecería con el apoyo de grupos emergentes de comerciantes y burócratas. En ese sentido, el Plan de Lisboa suponía un cambio drástico. 

Sin embargo, el Plan de Lisboa —finalizado el 12 de junio de 1758, menos de dos años después del terremoto— no contemplaba únicamente la reconstrucción del área de Baixa. El Plan también incluyó la expansión de la ciudad más allá de sus límites existentes, aplicando lo mismo: normas urbanísticas muy precisas, concepto, filosofía y soluciones tecnológicas. Basado en la racionalidad, la proporción y la simetría, fue un plan de reconstrucción extremadamente ambicioso, considerado por muchos como el primer plan urbanístico verdaderamente moderno.  

El Plan aunaba arquitectura y urbanismo en una única entidad, respaldada por las ideas y por el mecanismo legal y político puestos en marcha por Carvalho e Melo. No solo daría paso a una nueva ciudad, sino también a una nueva sociedad.  

Hecha de madera, esta estructura funciona como un esqueleto tridimensional que conecta todos los elementos constructivos del edificio. Una vez construido, se rellena con piedra y mampostería, creando los muros. Las conexiones dúctiles y la existencia de elementos de arriostramiento transversal garantizan la transmisión al suelo de las fuerzas horizontales inducidas por un terremoto. La mampostería se derrumba, pero el edificio sigue en pie.

Aquí puede ver el plano topográfico de la Ciudad de Lisboa Arruinada –en rosa el diseño de las calles de Lisboa antes del terremoto y en amarillo, la nueva alineación urbana, con el nuevo trazado de las calles y los nuevos edificios- propuesto por el capitán Eugénio dos Santos (1711-1760). Este plan, elegido entre seis proyectos, era el más radical, ya que arrasaba todos los edificios del centro, incluso los que aún eran habitables, y no contemplaba ningún carril diagonal, imponiendo una ortogonalidad total. Sin embargo, esta propuesta respetaba parte de la memoria de la ciudad antigua, manteniendo como ejes las dos grandes plazas anteriores al terremoto: la del Terreiro do Paço, centro político y económico, donde ya se sabía que la familia real no volvería a vivir; y la del Rossio, más popular, donde aún se pretendía reconstruir su edificio principal, el Hospital Real de Todos los Santos.