El terremoto sucedió el 1 de noviembre, el Día de Todos los Santos, una festividad católica importante en el calendario litúrgico. Lisboa, una de las ciudades más fervientemente católicas del siglo xviii, estaba de fiesta ese día, con sus iglesias engalanadas y repletas de fieles que asistían a misa, cuando el terremoto se hizo sentir a las 9:40 de la mañana: tres temblores en el transcurso de nueve aterradores minutos. 

A pesar de la poca fiabilidad de los testimonios registrados bajo el efecto traumático de la experiencia y de algunos transcritos posteriores narrados por testigos indirectos, podemos aventurarnos con una descripción de la cronología del terremoto. Al principio se oyó un estruendo, una especie de trueno, y luego el primer temblor, que duró algo más de un minuto. Muchos testigos hablan de una sensación similar a la de una cabalgata de carros gigantes o miles de caballos a galope. Otros testigos compararon el estruendo con una manada de elefantes. Tras un breve intervalo, que no llegó a un minuto, sintieron el segundo temblor, con mayor virulencia, que duró cerca de dos minutos, cuando comenzaron a caer las primeras casas. Los tejados y los sobrados (suelos de madera) se derrumbaron y el revoque saltó de las paredes, estas se abrieron y las torres se vinieron abajo. Le siguió el tercer terremoto, pero en este punto los testimonios son más confusos. Casi todos afirman que la mayoría de las casas dañadas se derrumbaron en esta etapa. Muchos dicen haber visto la tierra y la ciudad ondularse, como un maizal agitado por el viento. Otros mencionan las tejas llevadas por el viento como plumas. El derrumbe de los numerosos edificios arrojó una sofocante nube de polvo sobre la ciudad, oscureciendo las calles y bloqueando la luz del sol. La mayoría de los testigos hablan de una duración total de 6 a 7 o 9 minutos. Algunos mencionan solo dos temblores, sin distinguir el segundo del tercero.  

Las iglesias estaban a esa hora llenas de gente y muchos murieron por el derrumbe de las bóvedas de piedra, como ocurrió en la Iglesia del Carmen. Muchos de los aristócratas sobrevivieron al desastre, ya que solían asistir a misa después de las once de la mañana, y muchos de ellos se encontraban fuera de la ciudad, en palacios o casas de campo. 

Poco tiempo después, se originaron los incendios en diversos puntos al mismo tiempo, pero se propagaron principalmente desde la zona de Rossio. La caída de las velas y los candelabros que se habían encendido para celebrar el Día de Todos los Santos prendió fuego a muebles, maderas y telas en iglesias y capillas. Al ser un día de fiesta, los hornos de las casas y las panaderías estaban en pleno funcionamiento a esa hora de la mañana, preparando los manjares que comerían ese día los lisboetas y los muchos visitantes que se encontraban en la ciudad. Rápidamente se incendiaron y el fuego se extendió desde las cocinas al resto de las casas. Estos incendios en el interior de los edificios pronto se extendieron a estructuras contiguas debido a los fuertes vientos. 

Al horror del incendio se sumaron los numerosos heridos presos en los escombros del terremoto o discapacitados en camas, atrapados entre las llamas. El incendio fue tan devastador y profundo que más de un mes después los edificios y los escombros seguían ardiendo. António dos Remédios, testigo presencial, publicó una carta en la que refutaba algunos de los testimonios más exagerados, pero subrayaba el horror de las llamas, con las numerosas personas quemadas vivas. 

Las estructuras de las casas de la Lisboa anterior al terremoto eran de madera, al igual que muchas de sus paredes y suelos. Muchos edificios tenían pisos en voladizo, lo que significa que los pisos superiores avanzaban hacia la calle, ganando superficie en cada planta, pero cada piso se acercaba más peligrosamente al edificio opuesto. Esta estructura creaba verdaderos “túneles” en las ya intrincadas y estrechas calles del centro de Lisboa, por los que el fuerte viento, calentado por el fuego, se dispersaba como en un horno aquel día. En ciertas calles, el humo era tan espeso que asfixiaría a cualquier en menos de un minuto. 

Para empeorar las cosas, Lisboa disponía de una red de abastecimiento de agua muy deficiente en esa época. Las reyertas entre aguadores y las crisis por falta de agua eran habituales en la capital. El acueducto de Águas Livres, construido durante el reinado anterior, vendría a dar alguna respuesta a esta calamidad, pero en 1755 todavía existían muy pocas fuentes públicas. El día del terremoto, muchas de estas infraestructuras quedaron destruidas. 

Ni siquiera el agua de las olas del tsunami apagó los incendios, sino que arrastró aún más escombros que alimentaban el fuego circundante. Y por si esto fuese poco, había ladrones que también prendieron fuego a edificios para ahuyentar a la gente de sus posesiones. Desesperados, los supervivientes abandonaron sus casas y huyeron a los suburbios. Sin agua ni brazos para sofocarlo, el fuego podía extenderse a su voluntad, devorando todo a su paso. 

El viento siguió soplando y las llamas ardieron durante días, prolongando la sensación de que la ira de Dios había caído sobre Lisboa y había llegado el Juicio Final. Los cuatro elementos, tierra, agua, aire y fuego, parecían unidos en contra de la gente de Lisboa. Pero el fuego fue sin duda el elemento más destructivo de la catástrofe, causando muchos más daños que el terremoto o el tsunami.  

Las réplicas del terremoto se sintieron durante todo el día, varias veces, pero mucho más leves. En la madrugada del 8 de noviembre de 1755 se produjo otra réplica, bastante violenta, que terminó por derrumbar algunos edificios ya dañados y agravó el clima de pánico. El 25 de diciembre, a las dos de la madrugada, la tierra se estremeció ligeramente por última vez en el año 1755, en Lisboa.

Grabado francés que muestra cómo el fuego todavía arde en el horizonte, mientras en primer plano, los supervivientes ya se refugian en tiendas. También puede ser que se quisieran representar, en una sola imagen, todos los horrores del suceso (terremoto, tsunami e incendio): a lo lejos, se derrumban las torres de las iglesias, mientras se elevan las aguas revueltas del río y se avistan los feroces incendios en todos los rincones de la ciudad.