El 1 de noviembre de 1755, sería el rey quien ostentaba el único poder de confirmar todas las decisiones, después de oídos los diversos consejos y tribunales de la monarquía. Pero ante la urgencia de la situación, eran los secretarios de Estado quienes debía actuar, aunque no siempre resultaba sencillo para ellos tomar decisiones sin la confirmación del rey. Dependía del prestigio de estos secretarios y de la confianza y autoridad que el rey depositaba en ellos. Los secretarios a día del terremoto eran Pedro da Mota e Silva, secretario de Estado del Reino, Diogo de Mendonça Corte Real, secretario de Estado de la Armada y Territorios de Ultramar, y Sebastião José de Carvalho e Melo, secretario de Estado de Asuntos Extranjeros y Guerra. Los tres tendrían comportamientos muy diferentes ante la catástrofe. De hecho, dos de los secretarios desaparecieron de la ciudad. Pedro da Mota tenía más de setenta años, estaba enfermo y pasaba el tiempo recogido en su casa. Diogo de Mendonça desapareció durante varias horas, supuestamente aterrorizado, y se limitó a enviar sopas a la reina a través de su “holandesa” (con quien convivía). Otras figuras importantes de la Corte como António da Costa Freire (un magistrado con experiencia diplomática) o Estevão Pinto huyeron a sus quintas.

Según varios testimonios, Sebastião José dejó a la familia en su palacio y atravesando el caos de la ciudad, acudió a Belém junto al rey. Sebastião José, secretario de Estado de Asuntos Exteriores y Guerra, tomó en sus manos el control de la situación, comunicando decisiones y firmando frenéticamente advertencias, órdenes y disposiciones dirigidas a las autoridades del reino, sin preocuparse por los formalismos o las normas jurídicas. Con independencia de los límites puestos a su actuación –debía lidiar con la diplomacia y problemas de guerra– en realidad el terremoto era, de hecho, una situación de "guerra". La ciudad no podría encontrarse en peor estado si hubiera sido bombardeada por la artillería de un terrible enemigo. Sebastião José no perdió tiempo.

Cuando Pedro da Mota falleció, unos días después del terremoto, sus papeles y documentos pasaron a manos de Sebastião José por orden del rey. Aunque Diogo de Mendonça Corte Real parecía haber apoyado a un juez y consejero de Hacienda llamado António Freire de Andrade para reemplazar a Pedro da Mota, el rey no se mostró convencido. Sebastião José mostró una actividad sin precedentes, y el rey, indeciso sobre viajar a Alentejo o permanecer en Belém, parecía descansar en el coraje político de su secretario. Claro que la minuciosa historia de las medidas tomadas, permite identificar a muchos otros protagonistas. Muchos aristócratas instalaron en los jardines auténticos hospitales de campaña, llamando a médicos y cirujanos. El hermano del duque de Lafões caminó por las ruinas rescatando a muertos y heridos, y monseñor Sampaio, un prelado de la Iglesia Patriarcal, se encargó de sepultar más de 240 cadáveres, además de salvar a muchas personas de las ruinas. Pero nada parece compararse con el ascenso administrativo de Sebastião José,

de tal modo que el 25 de febrero de 1756 apareció la Carta que se escreveu de Portugal a um grande de Espanha (Carta que se escribió de Portugal a un grande de España), acusando a Sebastião José de origen social dudoso y apropiación de rentas del Estado. Fue calificado como "soberbio, orgulloso, fingido y pésimo político por ser de calidad baja y ordinaria". También se publicó un texto de António Pereira dedicado al duque de Lafões, D. Pedro de Bragança, elogiando a quien más había destacado por su respuesta al terremoto, esta vez omitiendo totalmente el nombre de Sebastião José. El duque de Lafões, el duque de Aveiro, el marqués de Angeja, el conde de S. Lourenço y el hijo del marqués de Marialva fueron ampliamente elogiados. También el marqués de Alorna, D. Miguel de Almeida Portugal, veedor de Hacienda, virrey de la India y retornado en 1752, estaba relacionaba con la "oposición" a Sebastião de Carvalho e Melo. Habrá sido él el autor de la frase: "Sepultar a los muertos, cuidar de los vivos y cerrar los puertos", cuando el rey preguntó presa del pánico qué había que hacer. Alorna fallecería en 1756, pero fue alguien importante en la recolección de trigo para alimentar a la ciudad, misión en la que también estaba involucrado el marqués de Tancos, aunque la memoria de su actuación en la respuesta al terremoto haya prácticamente desaparecido. Esto era síntoma de la lucha subyacente entre las principales figuras de la Corte.

Prueba de que la situación era grave: el 17 de agosto de 1756, un decreto ofrecía recompensas por información frente a la conspiración orquestada contra el secretario Sebastião José, ofreciendo 20.000 cruzados a quien informase sobre la identidad de los autores. El juez António da Costa Freire fue después considerado el líder del plan para hacerse con el poder gracias a la ayuda de los duques de Lafões y Aveiro, las marqueses de Angeja y Marialva, el conde de S. Lourenço, algunos de los aristócratas más importantes del reino y un hombre de negocios, Martinho Velho da Rocha Oldenburg, representando los intereses del comercio con Oriente. Aunque fuesen acusaciones nunca confirmadas, Diogo de Mendonça Corte Real parecía haber apoyado esta oposición, minando también la influencia de Sebastião José. A su vez, apoyaban al secretario Sebastião José, al marqués de Tancos y a José Seabra da Silva.

La tensión política (transformada gradualmente en odio) era parte de la sociedad de la Corte y del tipo de gobierno desarrollado en Portugal desde el siglo xvi, pero no parece haber entorpecido demasiado la respuesta al terremoto en los meses siguientes. Las principales figuras políticas de la Corte aparecieron con diferentes grados de protagonismo, cada vez más enredadas en la telaraña política y en la agilidad administrativa del secretario Sebastião José de Carvalho e Melo.

1 - Sebastião José de Carvalho e Melo (más adelante, marqués de Pombal), Secretário de Estado dos Negócios Estrangeiros e Guerra (secretario de Estado de Asuntos Exteriores y Guerra)

Aprovechando la ausencia de los otros dos secretarios de gobierno —Pedro da Mota e Silva y Diogo de Mendonça Corte Real—, Carvalho e Melo se dispuso a afrontar la crisis y trabajó duro en los días siguientes al terremoto.  

Carvalho e Melo, un noble de la nobleza media, sin estudios conocidos, era un diplomático muy respetado, había servido en Londres y Viena y tuvo éxito en la Corte Real, donde fue nombrado secretario de Asuntos Exteriores y Guerra en 1750. Puesto que la casa de Carvalho e Melo no acabó destruida en la catástrofe, el rey creía que su secretario gozaba de protección divina, aunque algunos en la corte opinaban que se trataba de una idea ridícula. Se ha especulado mucho sobre las razones de la confianza del Rey en Sebastião José, desde la relación de su esposa austriaca con la Reina viuda hasta el interés del Secretario por los negocios de Brasil, cada vez más importantes en la Corte. Si bien es cierto que el oro de Minas Gerais, en Brasil, fue visto como la palanca desesperada para la reconstrucción de Lisboa, la capacidad de trabajo y la energía del Secretario fueron sin duda un factor decisivo. El mismo día del terremoto y los días siguientes, Carvalho e Melo tomó muchas decisiones importantes en nombre del rey, sometiéndose a las órdenes del rey ya el 2 de noviembre de 1755, el duque de Lafões y D. Diogo de Noronha, Marqués de Marialva, con las inevitables palabras: "¡Su Majestad manda!”. Sebastião José hizo construir una cabaña de madera cerca de la Tienda del Rey -con tiendas de guerra traídas del Alentejo- donde instaló su Secretaría de Estado. Movilizó el poder judicial e instauró el orden a partir de entonces.

El 4 de mayo de 1756, el rey D. José nombró a Sebastião José de Carvalho e Melo para la Secretaría de Estado de Asuntos del Reino, formalizando su poder sobre el territorio. Acumulando muchos puestos importantes, más adelante se convertiría en conde de Oeiras y después, marqués de Pombal, nombre que conservó a lo largo de la historia.